COUNTERはMatt's Script Archiveで入手できます。
プログラムのダウンロードはCounterから出来ます。
ダウンロード後、解凍ソフトを用いてファイルを解凍して下さい。

flyのプログラムはfly: その場で作るGIF画像 で入手できます。
ダウンロードとインストールでファイルのダウンロードとインストールの説明を読むことが出来ます。

サーバ上のディレクトリ構成を以下のようにするという前提です。

       cgi-bin
            |---counter（ディレクトリ）(755)

★あなたのPC上でcounterというフォルダを作成しておく。

★上記のページからcounterフォルダにfly-1.6.5.tar.gzをダウンロードする。
もしくはダウンロードしたfly-1.6.5.tar.gzをcounterフォルダに入れる。（Macの場合）
注）fly-1.6.5.tar.gzファイルはPC上で解凍しないこと。

★FTPでcgi-bin内にcounterフォルダ（中にfly-1.6.5.tar.gzファイルが入ったまま）を転送する。
fly-1.6.5.tar.gzファイルがバイナリ転送されていることを確認して下さい。

★telnetでcounter（ディレクトリ）に移動し、flyをインストールするために以下のコマンドを実行する。

gunzip fly-1.6.5.tar.gz
tar xfv fly-1.6.5.tar
cd fly-1.6.5 ;make

★サーバにFTPして以下のようになっていることを確認して下さい。

       cgi-bin
            |---counter（ディレクトリ）(755)
                      |---fly-1.6.5（ディレクトリ）
                               |---fly
                      |---fly-1.6.5.tar

サーバ上のディレクトリ構成を以下のようにするという前提です。

       cgi-bin
            |---counter.pl (755)
            |---html_log.pl (755)
            |---counter（ディレクトリ）(755)
                       |---fly-1.6.5（ディレクトリ）
                       |           |---fly
                       |---fly-1.6.5.tar
                       |---access_log (666)
                       |---count.txt (666)
                       |---error_log (666)
                       |---digits（ディレクトリ）
                       |          |---0.gif
                       |          |---1.gif
                       |          |---2.gif
                       |          |---3.gif
                       |          |---4.gif
                       |          |---5.gif
                       |          |---6.gif
                       |          |---7.gif
                       |          |---8.gif
                       |          |---9.gif
                       |---images（ディレクトリ）
                                  |---bad_referer.gif

★Matt's Script Archiveからダウンロードしたファイルを解凍すると、以下の7ファイルがあるはずです。

counter.pl（カウンターを動作させるためのCGIスクリプト）
count.txt（カウンターの数値が書かれるデータファイル）
access_log（アクセスログのファイル）
error_log（カウンターのエラーが記録されるログファイル）
html_log.pl（アクセスログをHTMLファイルとして出力するためのCGIスクリプト）
bad_referer.gif（Bad Referer Errorのための画像）
README（説明用のファイル）

★counter.plの編集

$count_file = "/home/user/cgi-bin/counter/count.txt";
#count.txtの絶対パス

$digit_dir = "/home/user/cgi-bin/counter/digits";
#digitsディレクトリの絶対パス。このディレクトリの中にカウンターの数字画像のファイルが入る。
画像ファイル（0.gif〜9.gif)はすべて同じ大きさのものにして下さい。

$access_log = "/home/user/cgi-bin/counter/access_log";
#access_logファイルの絶対パス

$error_log = "/home/user/cgi-bin/counter/error_log";
#error_logファイルの絶対パス

$flyprog = "/home/user/cgi-bin/counter/fly-1.6.5/fly
#flyプログラムの絶対パス

$fly_temp = '/home/user/cgi-bin/counter/fly_temp.txt';
#スクリプトにより自動生成及び削除されるfly_temp.txtの絶対パス

$bad_referer_img = 'http://www.XXXX/~XXXX/cgi-bin/counter/images/bad_referer.gif';
#これは不正にカウンタープログラムが呼び出された時に表示される画像bad_referer.gifのURLです。

@referers = ("www.XXXX.ne.jp/~XXXX");
#カウンタープログラムが呼び出されるページがある、あなたのサイトのアドレス（サーバ名）を記入します。

### IMAGE SETTINGS ###
$width = "15";
$height = "20";
#0.gif〜9.gif（すべて同じ大きさのもの）のサイズを調べて記入します。

$tp = "X";
画像の中の透明にしたい色を、Xの部分にRGBカラーコードで指定します。Xにしておくとどの色も透明になりません。

$il = "1";
#1にするとカウンター画像を連結させられます。連結させない場合は0にします。

$frame_width = "3";
#0にするとカウンター画像の周りにフレームをつけない。フレームをつける場合0の替わりに1以上の数字でフレームの広さ（ピクセル）を指定。

$frame_color = "255,255,255";
#フレームを使用する場合のフレームの色（RGBカラーコード）を指定する。

$dot = "X";
$logo = "X";
#上記のどちらかのXを1にすると隠しカウンターになる。（ログは記録される。）

### OPTIONS ###
$max_time = "7";
#これ以上待たされると時間切れによるエラーイメージが表示されるという秒数。

$uselog = "1"; # 1 = YES; 0 = NO
#1にするとアクセスログが記録される。0にすると記録されない。

★count.txtについて

カウントを1以外の数字から始めたい場合にはその数字をこのファイルにタイプしておく。

★html_log.plの編集

$web = 1;
1にするとweb上でhtml_log.plを呼び出すことによりログが表示されます。

$log_file = "/home/user/cgi-bin/counter/access_log";
#access_logファイルの絶対パス（counter.pl内の記述と同じにすること）

$min_remote = "10";
#この場合同じリモートホストから10回以上のアクセスがあると、ログが表示された時にそのホスト名が表示されます。

# Select Options
$expand_agent = 0; # 0 = NO; 1 = YES
#0にするとログが表示された時にブラウザ情報をグループ化します。

$show_percent = 1; # 0 = NO; 1 = YES
#1にするとログが表示された時に数字が%と共に表示されます。

$title = "Access Statistics for My Home Page";
#カウンターが設置されているページの名前。ログが表示された時に戻り先として表示される。
$title_url = "http://my.domain.xxx/mypage.html";
#ログが表示された時に表示される戻り先のURL。

★すべてのファイルとフォルダをFTPで適切な場所に転送し、パーミッションの設定をする。

DIGIT MANIAには多くの画像ファイルがあります。一度訪れて見て下さい。

カウンターを設置したいページのHTMLファイルの、カウンター画像を表示させたい部分に以下の記述を加えるだけです。
<img src="http://www.XXXX.ne.jp/~XXXX/cgi-bin/counter.pl">

カウンター画像をページの背景に使用したいのなら以下のように記述します。
<body background="http://www.XXXX.ne.jp/~XXXX/cgi-bin/counter.pl">
ただしこれはかなりtacky（見苦しい）ことになるでしょう。